Pegasus Mail vám sám od sebe vytvoří jen jeden pořadač (folder), tzv. Main folder (čti mejn fouldr, hlavní pořadač), případně ještě pořadač Copies to self, kam schovává kopie vámi odesílaných dopisů. Další pořadače si musíte vytvořit sami v rámci povelů Move a Select folder. Oba tyto povely lze vydat v seznamu dopisů.
Povel Move (čti múv, stěhovat) přesune dopis do zvoleného pořadače. Vyvoláte jej klávesou M. Povel Select folder (výběr pořadače) vyvoláte klávesou F10. V obou případech se zobrazí seznam existujících pořadačů, v němž si lze vybrat jako v menu. Zjistíte-li, že potřebujete vytvořit nový pořadač, můžete to udělat klávesou Insert. Budete dotázáni na dlouhé a krátké jméno pořadače. Dlouhé jméno bude vidět v menu, krátké bude jménem souboru, kde bude pořadač uložen. Nepotřebný pořadač můžete zrušit klávesou Delete.