Protokol FTP používá dva režimy přenosu, které se nastavují stejnojmennými příkazy: ascii a binary. Nastavený režim pak platí pro všechny následující přenosy souborů, dokud režim nezměníte dalším příkazem.
Režim ascii je určen pro přenos textových souborů, tj. souborů, které jsou členěny na řádky a obsahují tisknutelné znaky. Při přenosu se soubor transformuje tak, aby výsledkem byl opět čitelný textový soubor. Přenos totiž může probíhat mezi počítači, které používají různé oddělovače řádek nebo i různá kódování znaků.
V režimu binary se soubory přenášejí bez jakékoli změny.
Jak poznat, který režim přenosu použít, je trochu problém. Universální návod neexistuje, ale většinou lze typ souboru poznat podle přípony (toho, co je ve jméně souboru za tečkou).
Přípony .txt a .doc obvykle patří k textovým souborům.
Binárně je třeba přenášet spustitelné programy s příponami .com a .exe, komprimované soubory s příponami .zip, .arc, .arj, .lzh, .tar.Z, .taz, .tgz, .tar.gz a samozřejmě také texty uložené ve formátech rozličných textových procesorů od T602 po MS Word.
Přenesete-li binární soubor v režimu ascii, výsledek je zpravidla zcela nepoužitelný. Přenesete-li naopak textový soubor binárně, někdy to vůbec nevadí (přenášíte-li mezi počítači se stejným operačním systémem). Pokud to vadí, lze konversi souboru provést lokálně (existují programy, které to dovedou). Rozhodně je lepší nastavit režim přenosu správně.