Binárním souborem zde myslím jakýkoli počítačový soubor, který buď není členěn na řádky a nebo obsahuje znaky jiné než tzv. 7-bitové ASCII. Příkladem binárních souborů jsou texty v T602, MS Wordu a pod., texty s českými znaky, spustitelné programy, databázové soubory, zakódované obrázky, zvuky a podobně.
Tyto soubory lze e-mailem poslat, ale je nutno je nejprve zakódovat speciálním programem tak, aby výsledný (zakódovaný) soubor byl členěn na řádky a obsahoval pouze znaky ze 7-bitového ASCII. Příjemce pak takový soubor musí zase speciálním programem dekódovat, aby dostal původní binární soubor.
Existuje několik způsobů kódování, ale nejčastěji se používají programy uuencode a uudecode. Některé programy typu MUA (například i oblíbený Pegasus Mail) dovedou toto zakódování i rozkódování udělat automaticky, ale jen tehdy, když se na obou stranách používá program stejného typu.